十二烷基二甲基苄基氯化铵是阳离子表面活性剂，属非氧化性杀菌剂，具有广谱、高效的杀菌灭藻能力能有效地控制水中菌藻繁殖和粘泥生长并具有良好的粘泥剥离作用和一定的分散、渗透作用同时具有一定的去油、除臭能力和缓蚀作用。  
本品毒性小无积累性毒性并易溶于水并不受水硬度影响，因此广泛应用于石油、化工、电力、纺织等行业的循环冷却水系统中用以控制循环冷却水系统菌藻滋生对杀灭硫酸盐还原菌有特效。  
亦可作为纺织印染行业的杀菌防霉剂及柔软剂、抗静电剂、乳化剂、调理剂等。 

用作非氧化性杀菌灭藻剂一般投加剂量为50-100mg/L作粘泥剥离剂使用量为200-300mg/L需要时可投加适量有机硅类消泡剂。